通過灌溉系統施肥(水肥一體化)的做法越來越受歡迎。一個經常被問到的問題是，水肥一體化好還是標準的顆粒肥好?這兩種施肥方法各有明顯的優點和缺點，在決定使用哪種方法之前需要考慮以下的幾個方面。
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水肥一體化的優點：
1.水肥一體化的化肥使用效率要比顆粒肥料高得多。有研究表明，通過滴灌系統施加氮肥比施加等量的氮肥顆粒能夠獲得更高的產量和更大的植株。這可能是由于氮肥顆粒施加在土壤表面而導致肥力流失，液體氮肥則被直接施加到根部所以吸收更迅速。
2.使用水肥一體化大大減少人工開支。
3.使用水肥一體化可以更加精確地施加營養素。通過使用水肥一體化，營養能夠更迅速地到達根部，而化肥顆粒需要通過微生物或/和水分解后才能向下滲透到根部。如果施用水肥一體化的時機正確，會給種植者帶來很大益處，但是如果錯過施用時機，水肥一體化的這項優點就不能得到體現。
水肥一體化的缺點：
1.水溶性肥料和預混肥料通常比顆粒肥料更加昂貴。這項增加的成本可以通過節省勞動力抵消。然而在大多數情況下水肥一體化依然更昂貴。
2.不規則施用可能會對作物產生傷害。施用水肥一體化最重要的一點就是保持施用頻率的一致性。如果系統出現故障，或者未正確設置，有些作物可能會比其他作物得到更多的水和肥料。這樣會導致一些作物得到太多的肥料以至于受到毒害，而其他作物又得不到足量的肥料。當然，施用顆粒肥料的時候這種情況也可能出現，但是是非常罕見的。
3.水肥一體化需要用到水，但是對漬水土壤再添加水會產生不好的影響。一般來說，第一次施肥是在剛剛萌芽后進行的，此時土壤已經非常濕潤了。在這時向根部添加更多的水并不是個好主意，尤其是在已經發生爛根的地區。漬水土壤降低根部功能并且增加發生爛根的幾率。
4.通過水肥一體化很難使pH值或土壤養分含量發生大規模的變化。如果需要使土壤PH值或某種營養素發生大規模變化，通過水肥一體化來實施是非常昂貴的。對于這種需求，顆粒肥料更適合也更便宜。
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這兩種施肥方法各有用處并且互不排斥。他們可以，也應該結合起來使用，使種植者得到最大的回報。例如，一些種植者發現可以在生長季初期使用顆粒肥料，然后再使用水肥一體化和葉面施肥來滿足作物的營養需求。總之，種植者需要認真地思考和考慮來決定在什么時期使用哪一種施肥措施。